Direktorat Jenderal Kesehatan Masyarakat merupakan unit kerja setingkat eselon satu yang menjalankan sebagian tugas pokok dan fungsi dari Kementerian Kesehatan. Susunan organisasi Direktorat Jenderal Kesehatan Masyarakat terdiri atas:

• Sekretariat Direktorat Jenderal Kesehatan Masyarakat, meliputi:
• Tim Kerja Perencanaan Program
• Tim Kerja Perencanaan Anggaran dan Pengelolaan Pinjaman/Hibah/Bantuan Luar Negeri
• Tim Kerja Hukum dan Hubungan Masyarakat
• Tim Kerja Organisasi dan Sumber Daya Manusia
• Tim Kerja Keuangan dan Barang Milik Negara (BMN)
• Tim Kerja Monitoring dan Evaluasi
• Direktorat Promosi Kesehatan dan Pemberdayaan Masyarakat, meliputi:
• Tim Kerja Strategi Komunikasi, Informasi dan Edukasi Kesehatan
• Tim Kerja Pengelolaan Posyandu Bidang Kesehatan
• Tim Kerja Peningkatan Literasi Kesehatan di Institusi Pendidikan
• Tim Kerja Kemitraan
• Tim Kerja Penggerakan dan Pemberdayaan Masyarakat
• Direktorat Gizi, Kesehatan Ibu dan Anak, meliputi:   
• Tim Kerja Kesehatan Maternal, Neonatal dan Penurunan AKI AKB
• Tim Kerja Standar Kecukupan Gizi dan Mutu Pelayanan Gizi dan Kesehatan Ibu dan Anak
• Tim Kerja Kesehatan Balita dan Anak Prasekolah
• Tim Kerja Percepatan Penurunan Stunting
• Tim Kerja Kesehatan Anak Usia Sekolah dan Remaja 
• Tim Kerja Surveilans Gizi dan Kesehatan Ibu dan Anak 
• Tim Kerja Skrining Bayi Baru Lahir
• Direktorat Usia Produktif dan Lanjut Usia, meliputi:
• Tim Kerja Kesehatan Reproduksi
• Tim Kerja Kesehatan Kerja
• Tim Kerja Kesehatan Kelompok Rentan
• Tim Kerja Kesehatan Olahraga
• Tim Kerja Kesehatan Lansia
• Direktorat Kesehatan Jiwa, meliputi:
• Tim Kerja Promosi Kesehatan Jiwa dan Kemitraan
• Tim Kerja Deteksi Dini dan Pencegahan Masalah Kesehatan Jiwa dan Napza
• Tim Kerja Tata Kelola Gangguan Jiwa
• Tim Kerja Tata Kelola Gangguan Penggunaan Napza 
• Tim Kerja Surveilans Kesehatan Jiwa dan Napza
• Direktorat Tata Kelola Kesehatan Masyarakat, meliputi:
• Tim Kerja Pusat Kesehatan Masyarakat
• Tim Kerja Integrasi Pelayanan Kesehatan Primer
• Tim Kerja Laboratorium Kesehatan Masyarakat
• Tim Kerja Kesehatan Tradisional
• Tim Kerja Daerah Tertinggal Perbatasan Kepulauan
• Tim Kerja Fasilitas Kesehatan Layanan Primer
• UPT Labkesmas, meliputi:
• Laboratorium Kesehatan Masyarakat, meliputi:
1. Balai Besar Laboratorium Kesehatan Masyarakat Surabaya
2. Balai Besar Laboratorium Kesehatan Masyarakat Yogyakarta Balai Besar
3. Balai Besar Laboratorium Kesehatan Masyarakat Palembang Balai Besar
4. Balai Besar Laboratorium Kesehatan Masyarakat Jakarta Balai Besar
5. Balai Besar Laboratorium Kesehatan Masyarakat Banjarbaru
6. Balai Besar Laboratorium Kesehatan Masyarakat Makassar
7. Balai Laboratorium Kesehatan Masyarakat Palembang
8. Balai Laboratorium Kesehatan Masyarakat Makassar
9. Balai Laboratorium Kesehatan Masyarakat Batam
10. Balai Laboratorium Kesehatan Masyarakat Magelang
11. Balai Laboratorium Kesehatan Masyarakat Ambon
12. Balai Laboratorium Kesehatan Masyarakat Manado
13. Balai Laboratorium Kesehatan Masyarakat Donggala
14. Balai Laboratorium Kesehatan Masyarakat Medan
15. Balai Laboratorium Kesehatan Masyarakat Banjarnegara
16. Balai Laboratorium Kesehatan Masyarakat Banda Aceh
17. Balai Laboratorium Kesehatan Masyarakat Papua
18. Loka Laboratorium Kesehatan Masyarakat Pangandaran
19. Loka Laboratorium Kesehatan Masyarakat Baturaja
20. Loka Laboratorium Kesehatan Masyarakat Waikabubak
21. Loka Laboratorium Kesehatan Masyarakat Tanah Bumbu 
• Balai Besar Laboratorium Biologi Kesehatan
• Balai Besar Laboratorium Kesehatan Lingkungan